Ông sinh ngày 2 tháng 2 năm 1741, tại quê mẹ là vùng Origny-en-Thiérache (Pháp). Hậu tố "de Béhaine" không có hàm ý chỉ ông thuộc dòng dõi quý tộc mà chỉ là tên của một điền trang nhỏ Béhaine, gần vùng Marle, nơi cha ông là chủ điền trang. Và trên có lẽ, hậu tố này cũng chỉ xuất hiện kể từ sau Hiệp ước Versailles 1787.

Thời thanh niên, ông theo học trong trường dòng và được đào tạo để trở thành một nhà truyền giáo ở hải ngoại của Hội Thừa sai Paris (Séminaire des Missions Étrangères). Ông rời Pháp từ cảng Lorient vào tháng 12 năm 1765 với sứ mạng truyền giáo tại Đàng Trong. Ngày 21 tháng 6 năm 1766, ông cập cảng tại Pondicherry. Sau đó, ông có vài tháng lưu trú tại Ma Cao và có vài lần đến Hà Tiên bắt liên lạc với những người truyền giáo đi trước tại đây. Tháng 3 năm 1767, ông đặt chân đến Hà Tiên với chức vụ giáo sư trong chủng viện của Hội Thừa Sai tạm đặt cơ sở tại Hòn Đất (gần Rạch Giá thuộc tỉnh Kiên Giang ngày nay).